2199. Cinq ans après l'invasion de la Terre par des extra-terrestres, les Gamilons, la surface de la planète reste irradiée par les résidus de bombes. Les survivants humains vivent sous terre pour échapper à la contamination. Susumu Kodai, un ancien pilote découvre une capsule spatiale endommagée. Elle lui révèle qu'il existe sur la planète Iscandar, un moyen de supprimer l'irradiation.La construction d'un vaisseau capable de faire rapidement le voyage entre la Terre et Iscandar (il faut revenir rapidement, les radiations menacent d'atteindre les humains restant sous moins d'un an) est alors décidée...